洛奇亚和凤凰对类的失忘，给他们一次又一次的机会，最终战争还是爆发，有多少神奇宝贝失去家园。
小智和希罗娜也下定决心要守护神奇宝贝的家园，这是他们能做的唯一的一件事，用他们仅有的力量做最大的事情。
小智回来了
希罗娜没错，回来了
他们回来的同时神奥地区已经解除了戒备，因为天冠山上的能量突然就保持了相对的平衡，因为时空双神已经摸除了那一切。
走出烧焦塔就看见了小刚他们都在外面等带着他们，见到小智和希罗娜他们立马凑了上来，急切地询问发生了什么。
小刚发生了什么，你们已经走了十多天了
小霞对呀，你们没事吧
面对于小刚还有小霞热切地询问，小松显得比较的淡定，刚要询问凤凰和洛奇亚的事情，就看见了身后的炎帝。
小松炎帝！！？这是那只被御龙治收服的炎帝
希罗娜对，御龙治已经死了
小霞死了才好
小刚不过你们怎么找到他的
小智时间裂缝回到了一百五十年前，我也应该去处理一下御龙治的事情了
小智和希罗娜在和他们做了短暂的谈话，就去了神奇宝贝中心，先打电话给了大木博术，叙述了发生的事情，就把这两只机械神奇宝贝和闪电鸟传送给了他
接下来就是给小智的爷爷打了一通电话，打的一针预防针，便将事情告诉了爷爷。
“小智我人已经老了，知道什么是对错，他的事情你做得对”御龙治的事情小智做的很好，他为有这样的孙子而感到开心又为有这样的儿子感受叹息。
小智感谢外公的理解，这是御龙治的神奇宝贝
说着小智将御龙治的神奇宝贝球全部放到了传送过去的机器上，就算御龙治再错神奇宝贝是无辜的他们只呈听从了神奇宝贝训练家的命令。
走出神奇宝贝中心，刚他们已经在等着小智他了，另小智意外的是这只炎帝也在等待着小智。
希罗娜炎帝，你在等小智吧