简兵部武选司主事孙传庭，加都察院御史衔，持圣旨沿运河南下巡察！准其沿漕运线巡查所有卫所、漕仓、闸坝，对卫所兵额虚冒、操练废弛、器械朽烂及与漕帮勾结、盘剥运丁等情，皆可先查后奏，
凡三品以下劣迹昭彰、阻挠新政之文武，有权暂停职务，锁拿待审，查实后具本参劾。若有图谋不轨之人，则令亲军营拿下，若有反抗者，杀无赦！赐密奏权，所得情报、证词，直送通州亲军营中军，由塘马急递御前！”
朱由校的目光落于南直隶地图之上，指尖划过镇江、苏州、南京，寒意森森：
“至于南直隶那边，另外派步卒五千、骑兵三千，分两批星夜南下，归毕尚书全权调遣！”
“主力（步卒两千、骑兵一千）驻苏州府！
一来震慑苏松常镇豪强，保障清欠！凡查实巨室拒不纳赋、串联抗命，或冲击府衙、蛊惑愚民者，该部可直取其坞堡、田庄，锁拿主犯！地方卫所不得干预！若地方卫官胆敢私调兵卒抗命，视为逆党，立予歼灭！
二来监视苏松兵备道及各府卫所，防其阳奉阴违，纵容地方！“
另一部（步卒三千、骑兵两千）驻南京，威慑中枢，整肃江南卫所驻军，另外郑芝龙海盗出身，虽心向大明，但也需以精兵强将镇之！”
“南直隶纸面兵额十二万，朕闻实不足三万，老弱病疲！令该部会同南京守备勋臣、魏国公徐宏基，南京守备太监王体乾，令徐宏基、王体乾即日共同主持江南卫所整饬，限期严核兵员、器械、操练！
“凡冒名顶替、空额饷丁，一律革除追赃；凡老弱不堪战者，发遣银遣散，挑选精壮，作为后勤营，辅佐海运事宜；凡吃空饷之军官，追赃革职，严重者斩首示众，核定汰弱后实额，严加操练”
“亲军直接听命御前，该部负责弹压整肃期间任何可能的哗变或抗命，对南直隶勋贵、武官、宦官任何阻挠整军、抗拒新政者，拥有临时处置权！”