能保持一个大队的机动兵力，可对占领区的控制成效仍旧不怎么样。国、共双方的敌后游击军不但活得好好的，还有心情互相"磨擦"。
除了力求控制占领区以外，日军还希望以局部攻势消耗中方实力，由于中央嫡系精锐多部署于西南充当预备队，或是布置于武汉四周俟机反攻武汉。因此，日军决定将局部攻势的重心放在对我第五、第九战区的防区，以逐次打击中央嫡系单位为第一要务。于是，当各军都在忙着调防，且多以旅团取代师团的情况下，占领武汉的第11军仍控制了7个师团又3个旅团的庞大兵力，负起连续进行局部攻势的任务。1939年一年中，第11军先攻夺南昌，再先后对湖北第五战区及湖南第九战区发动大规模攻势。我方分别称为南昌会战、随枣会战、第一次长沙会战。然而上述攻势除攻占南昌外，对我军的打击都不严重。
更恶劣的问题出现在日本本土的经济，1937年初，日本才刚通过了一个以美、俄为假想敌的海、陆军整建计划，总额达24亿日元，可才开始执行。中日战争爆发，战费消耗庞大，同时扩军仍得进行，因此，日本央行的黄金准备急速消耗，至1938年底，日本央行手上的黄金库存（价值仅十三亿五千万元）已消耗三分之二以上，即使如此，当年度为了进行武汉会战，日本陆军仍必须延缓整建计划的执行，才能挪出足够的预算应付战费。
在武汉会战后，日本陆军的整建计划又做了修改，从最初版本的战时40个师团到1938年初的55个师团，到1938年底，则是目标1942年之前完成战时65个师团与陆军航空队164个中队的整备工作。为了生产并储备足够的装备、弹药、整建计划所需的经费自是节节高升，仅1939年的扩军预算便需18亿日元，日本的财政已经到了临界点。
事实上，日本也积极的想从中国脱身，可其和谈条件超出国民政府的底线甚远，想在此一方面达成突破的几率并不高；另一方面，日本虽在华北与华中试图扶植附庸政府，"以华制华",以帮助日军削弱重庆国民政府的影响力，但由于效果都不怎么样，即使1939年扶植建立了汪精卫政权。
第11军整个1939年的战果差强人意，且整体上日军兵力不敷分配，就算是第11军各师团也负有占领任务，要发动攻势就得大幅抽调守备兵力，在无兵接防的前提下，攻势自是不可能持续，换言之，要以大攻势削弱我军，日本人就得大幅增兵，否则能打的就是局部（且不深入的）攻势而已。
接替冈村宁次成为日军第11军的园