抽取长江原水或壳体内的透明度和浑浊度变差的清水，送至岸上地面陈列馆内的净水设备进行处理。制取的合格清水通过循环水箱，自流到循环水系统中，更新壳体内的水质。循环水系统由分别设置在两条交通廊道内的循环水管道与保护穹体连接组成，管道上安装专用过滤器与长江水相通，将保护穹体内的水体与长江水体相通，形成一个“连通器”系统，以保证穹体内外的水压自动平衡。运行时，循环水管道和专用过滤器可互换使用，方便维护管理，也使得运行更加可靠和灵活。
看到“循环水系统”这一部分的时候，一位女士对“连通器”系统理解不透，戈老师便使用展厅中心放置的一个模型来进行解说。
最后，她说：“我们可以先到长江观景台去看一看，稍后再去一楼水下参观等候区。等我们下降到水下原址区，您会有更深刻的理解。”