克多，在4强出局。神奥旅程随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一起前往关都地区，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天的日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地区。第二天日出后，小智和小刚回到关都地区，在前往真新镇及深灰市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅程正式划上句号。
宝可梦超级愿望讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的宝可梦。当小智知道合众地区的宝可梦后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而跟着冒险而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。随着小智取得8个徽章,日本在2012年6月21日开始播放第二季，讲述小智一行人在合众联盟开始前，前往东合众地区参加宝可梦世界锦标赛青少年杯为开端的故事。
后来小智在合众联盟8强出局，随后在2013年1月17日开始播出第2季的新章节“episoden”，重新诠释因3·11日本地震而未能如期播出有关的等离子队剧情。
“episoden”结束后，在2013年4月25日播出第2季的另一新章节“杰可罗拉冒险”，故事中小智一行人离开合众地区，返回关都地区，期间经过杰可罗拉群岛，并在群岛展开冒险旅程。
宝可梦xy立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地区，心中怀着新的理想告别了合众地区的同伴天桐和艾莉丝，在卡洛斯地区与新认识的旅行伙莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事
小智使用（黏美龙、音波龙、甲贺忍蛙、摔角鹰人、烈箭鹰、皮卡丘）在最后一战羁绊甲贺忍蛙vs超级喷火龙中败北，获得亚军。在比赛之后，闪焰队对基格尔德实验并暴走结束。卡洛斯地区的伙伴太阳&月亮主词条：宝可梦太阳&月亮小智和皮卡丘前往阿罗拉地区，获得了能够增强宝可梦能力的z手环，剧情不在是曾经的打道馆挑战宝可梦联盟，而是一起与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标是毕业，本作的风格与前作有较大的变化，着重展现宝可梦生机勃勃的生态，情节较偏向主角们的日常生活。最后的阿罗拉联盟对战，小智的鬃岩狼人（黄昏的样子）击败格拉吉欧的鬃岩狼人（黑夜的样