以为自己在数码内足足呆了上百年的时间，世界上早就应该出现新的黑暗始祖了才对，却万万没有想到，也许是他这个黑暗始祖太久没有出现的原因，黑暗数码宝贝们无法得到进化成为究极体的数据模板，也许是黑暗数码宝贝真的不争气，一直到雷克进化成究极黑暗兽，也没有任何一个黑暗数码宝贝成为究极体！
而且不但是黑暗本源，或者是雷克的程序并不在数码世界的程序范围之内的原因，就如同一个其他程序出现在了一个原有程序之中，最初弱小之时尚不被注意，当雷克成为究极体，足够强大的时候，立刻便是引起了数码世界自我防护程序的注意，莫名其妙的成为了头号病毒种数码宝贝！还为此得到了能将任何数码宝贝侵蚀成病毒种的究极黑暗..
始祖数码宝贝们虽然无法感受到雷克那异样的程序。
但却可以感应到世界黑暗元素的苏醒！距离雷克最近的木马兽甚至能够清晰的肯定雷克的身份！
黑暗始祖，诞生了！！
这是所有始祖数码宝贝共同的意识。
而作为黑暗的对立面，光明的加鲁鲁兽，更是在发现这一点之后立刻动身，前来同雷克见面...