京汇报工作的官员，也要来朝见皇帝，把这段时间以来，在地方上的工作做个总结汇报。同时，接受皇帝的质询，聆听皇帝的指示。
第二件事是，处理边关紧急军务和境内发生的民变、谋反、特大自然灾害。司天监汇报突发天象、祥瑞等。今日杨凡求援的事情，就要放在第二阶段来审议。
第三件事是，处理一般朝政事务。相当于大明朝廷的总经理办公会议。需要上会的事情，在这个阶段依次审议。通过的安排执行，有关官员负责监督进展。没有通过的或者加上指导意见，下次整改好了再来上会。或者直接否决。
第四件事是，处理本次御门听政会议前和会议中的君前失仪官员。各部院大臣奏事完毕之后，御史和鸿胪寺官员便先后出班。奏报早朝期间的官员失仪情况，然后按照大明律和规章，需要进行哪些惩处，奏请请皇帝定夺。